Nel Paleogene un evento vulcanico produce della lava basaltica (il basalto è una roccia effusiva, cioè si raffredda in superficie, povera in silice e ricca in minerali ricchi di MgO e CaO); essa è fluida e si espande in colate sottomarine mescolandosi ai sedimenti marini. Ci sono grandi quantità di prodotti d'esplosione fatti di ceneri, lapilli, prodotti vetrosi. Nel complesso si producono lave ricche di ferro e magnesio, simili a quelle delle Hawaii. Tutto questo 43 milioni di anni fa circa (Eocene superiore). Resta coinvolta nell'evento la parte centrale dei Colli.
Un secondo ciclo eruttivo inizia dopo qualche milione d'anni con diversa modalità: magmi acidi e viscosi diventeranno rocce come rioliti, trachiti e latiti, messe in posto prevalentemente nel sottosuolo. Il ciclo termina con altre lave basaltiche, simili per tipo ma molto inferiori per quantità, a quelle del primo ciclo eruttivo. Siamo nell'Oligocene (30-35 Ma). Dalle lave riolitiche a quelle latitiche diminuisce il contenuto in silice e le rocce che si formano sono via via più scure e ricche in ferro e magnesio.
Le intrusioni magmatiche hanno sollevato e modificato il fondale marino.
Ecco le forme dei Colli Euganei:
Le eruzioni si sono verificate in ambiente sottomarino ma probabilmente i coni più elevati sono emersi dalla superficie del mare, determinando la creazione di un piccolo arcipelago di isolotti vulcanici. Tale configurazione si è protratta fino all´inizio del Quaternario (circa due milioni di anni fa) momento in cui un sollevamento generalizzato del bacino insieme a fenomeni alluvionali di grossa entità, diedero origine alla formazione della Pianura Padana.
Dopo l'emersione dal mare, un'erosione selettiva di milioni di anni ha prodotto un paesaggio tormentato e vario, disgregando e asportando in parte le coperture sedimentarie più tenere, mettendo quindi in risalto i duri corpi vulcanici in forme coniche levigate e snelle.
